Ibu kota Wakatobi adalah Wangi-Wangi. Kabupaten Wakatobi terdiri dari empat pulau utama, yaitu Wangiwangi, Kalidupa, Tomia, dan Binongko. Jadi, Wakatobi adalah singkatan nama dari keempat pulau utama tersebut.
Pariwisata bahari adalah aktivitas wisata yang sudah lama dikenal dan merupakan pariwisata andalan di Taman Nasional Kepulauan Wakatobi. Kekayaan biota laut ini tidak lain karena hamparan terumbu karang yang sangat luas di sepanjang perairan dengan topografi bawah laut yang berwarna-warni seperti bentuk slop, flat, drop-off, atoll, dan gua bawah air.
Lebih dari 112 jenis karang dari 13 famili, antara lain Acropora formosa, A Hyacinthus, Psammocora profundasafla, Pavona cactus, Leptoseris yabei, Fungia molucensis, Lobophyllia robusta, Merulina ampliata, Platygyra versifora, Euphyllia glabrescens, Tubastraea frondes, Stylophora pistillata, Sarcophyton throchelliophorum, dan Sinularia spp tinggal harmonis bersama penghuni bawah laut lainnya.
Kekayaan ikan yang dimiliki taman nasional ini sebanyak 93 jenis. Di antaranya, Cephalopholus argus, takhasang (Naso unicornis), pogo-pogo (Balistoides viridescens), napoleon (Cheilinus undulatus), ikan merah (Lutjanus biguttatus), baronang (Siganus guttatus), Amphiprion melanopus, Chaetodon specullum, Chelmon rostratus, Heniochus acuminatus, Lutjanus monostigma,Caesio caerularea, dan lain-lain.
Taman Nasional Wakatobi juga menjadi tempat beberapa jenis burung laut seperti angsa-batu coklat (Sula leucogaster plotus), cerek melayu (Charadrius peronii) dan raja udang erasia (Alcedo atthis). Beberapa jenis penyu juga menjadikan taman ini sebagai rumah mereka, seperti penyu sisik (Eretmochelys imbricata), penyu tempayan (Caretta caretta), dan penyu lekang (Lepidochelysolivacea).
kawasan perairan laut Wakatobi yang terletak di pusat segi tiga terumbu karang dunia, memiliki keindahan alam bawah laut yang sangat menakjubkan.
Agar kawasan ini memiliki daya tarik bagi banyak wisatawan, baik domestik maupun wisatawan mancanegara, maka ada empat hal yang mesti dibenahi. Pertama, infrastruktur yang mendukung kepariwisataan seperti marina, perhotelan, pengelola diving dan sebagainya.
Kedua, keindahan alamnya harus terus dijaga dengan tetap memperhatikan prinsip-prinsip pengelolaan lingkungan lestari dan keberlanjutan. Ketiga, masyarakatnya harus ramah dan mampu menjadi pemandu-pemandu wisata yang bisa menjelaskan kepada para wisatawan tentang keindahan alam bawah laut di dalam kawasan Wakatobi.
Secara spesifik Taman Nasional Kepulauan Wakatobi dikelilingi pantai dari pulau-pulau karang sepanjang 600 km serta obyek wisata pantai dan tersebar di seluruh wilayah Wakatobi sangat potensial untuk dikelola. Jadi, bukan tanpa alasan jika kawasan pantai di wilayah ini sangat cocok untuk wisata seperti diving, snorkeling, berenang, dan memancing. kawasan perairan laut Wakatobi yang terletak di pusat segi tiga terumbu karang dunia, memiliki keindahan alam bawah laut yang sangat menakjubkan. Potensi industri ekonomi kreatif di Wakatobi sangat besar karena daerah ini memiliki wilayah laut cukup luas yang didalamnya banyak terdapat kerang-kerangan yang bisa dikembangkan menjadi kerajinan bernilai ekonomi tinggi